開発環境は、Windows10 Pro(64bit)。
例えば、Cドライブ直下にある、sample01というディレクトリと、sample02というディレクトリを、それぞれカレントディレクトリとしたコマンドプロンプトを複数、起動したい場合のやり方。
以下にファイルを、バッチファイルとして、保存して起動してみてください。
@echo off
start /d c:\sample01 cmd
start /d c:\sample02 cmd
2つのコマンドプロンプトが起動して、カレントディレクトリを見てみると、それぞれsample01とsample02のディレクトリになっていると思います。